La definizione che meglio sintetizza la mission di Incubatore Firenze è quella fornita da N.B.I.A. (National Business Incubation Association), l’associazione degli incubatori americani, che indica l’attività di incubazione come: “un processo dinamico di creazione e sviluppo d’impresa attraverso il quale gli incubatori forniscono risorse a giovani imprese, aiutandole a sopravvivere e crescere durante il periodo di start-up, in cui sono maggiormente vulnerabili”.
L’obiettivo di un incubatore d’imprese è dunque quello di favorire la nascita di nuove imprese con connotazione fortemente innovativa, sostenere il loro sviluppo nei primi anni di attività sino all'insediamento in una sede esterna definitiva: in questo modo il neo-imprenditore può concentrare la propria attenzione sul "core-business" dell'impresa.

L'incubatore Firenze si propone di dare un aiuto concreto alla nascita e allo sviluppo competitivo di nuove imprese hi-tech nel proprio territorio, fornendo servizi, consulenze, infrastrutture tecnologiche e multimediali in modo da consentire alle neonate aziende di muovere i primi passi per potersi consolidare nel mercato.
L’Incubatore non si limita però ad accogliere gli aspiranti imprenditori, ma considera parte integrante della sua mission l’attività di scouting di idee e progetti, volta ad agevolare l’emersione di idee di business dal mondo della ricerca universitaria o delle imprese già sul mercato, valutare i progetti imprenditoriali innovativi che possono avere probabilità di successo, supportare l’avvio e la crescita delle imprese, aiutandole a nascere e svilupparsi in un ambiente stimolante, formare gli imprenditori e favorire la cultura di impresa, agevolare l’incontro fra impresa e investitori.